Жогорку квалификациялуу илимий, илимий-педагогикалык кадрларды даярдоо, жаш окумуштуулардын жемиштүү илимий ишмердүүлүгү үчүн шарттарды түзүү университеттин илим тармагындагы негизги милдеттеринин бири болуп саналат. 1993-жылдан баштап университетте аспирантура ачылган. 

Университет аспирантуранын негизги милдетин анын натыйжалуулугунан көрөт. 1996-жылы алгачкы бүтүрүүчүлөр болгон. Бул жылдардын ичинде 70тен ашык диссертациялар жакталган. Жогорку окуу жайдын жетекчилиги аспиранттарды даярдоонун натыйжалуулугун жогорулатуу максатында бир катар чараларды пландаштырууда, анын ичинде аспиранттардын илимий изилдөөлөрүнүн натыйжалуулугун жогорулатуу: илимий-изилдөө жана практикалык иштерде тажрыйбасы бар изденүүчүлөрдүн үлүшүн көбөйтүү; аспиранттарды башкарууга университеттин алдыңкы окумуштууларын тартууга; аспиранттардын жетекчилигине талапты жогорулатуу; илимий изилдөөлөрдүн методологиясы боюнча лекцияларды окушат ж.б.

Диссертациялардын темаларын бекитүүгө жана алардын университеттин илимий предметине ылайык келишине, илимий изилдөөлөрдүн практика үчүн актуалдуулугуна өзгөчө көңүл бурулат. Акыркы жылдары КМШ өлкөлөрү менен илимий-педагогикалык кадрларды даярдоо жаатында байланыштарды жаңылоо тенденциясы байкалууда. Илим жаатындагы эл аралык келишимдерге ылайык, биздин университеттин окутуучулары тарыхый чоң илимий мектептери бар Россия Федерациясынын борбордук ЖОЖдорунун аспирантурасында билим алышат. Аспиранттар Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлиги ж.б. тышкы булактар ​​тарабынан каржыланган илимий долбоорлорду ишке ашырууга жигердүү катышып, алар диссертациянын темасы боюнча негизги илимий натыйжаларды жана сыноо иштерин алышат. 

Аспиранттарды, изденүүчүлөрдү материалдык жана моралдык жактан кызыктыруу жана илимий иштердин жыйынтыктарын апробациялоо максатында университетте жыл сайын чыгуучу жаш окумуштуулардын Жарчысын чыгаруу уюштурулду, интернет аркылуу дүйнөлүк маалымат ресурстарына эркин кирүү мүмкүнчүлүгү бар компьютердик кабинет ачылган. Бүгүнкү күндө университетте бюджеттик жана контракттык негизде 131ден ашык аспиранттар билим алууда. Аспиранттар илим тармактарынын 36 адистиги боюнча даярдалат. Акыркы 3 жылда аспирантурага кабыл алуу көп катталып, ошондой эле аспиранттар менен университеттин изденүүчүлөрү тарабынан диссертацияларды жактоо тенденциясы байкалууда.

Докторантура жана аспирантура ЖОЖдон кийинки кесиптик билим берүү системасында жогорку квалификациядагы илимий жана илимий-педагогикалык кадрларды даярдоонун негизги формасы болуп саналат. Бул иштерге жалпы жетекчиликти Ишеналы Арабаев атындагы Кыргыз мамлекеттик университетинин илим боюнча проректору алып барат. Аспирантура бөлүмү түздөн түз оперативдүү башкарууну жүргүзөт. Докторанттарды, аспиранттарды жана илимдин кандидаты илимий даражасын алуу үчүн изденүүчүлөрдү даярдоо илимпоздордун адистиктеринин колдонуудагы номенклатурасына ылайык жүргүзүлөт.

Докторанттарды даярдоонун бардык этаптары (докторантурага кабыл алуу, илимий консультанттарды дайындоо, окууну бүтүрүү жөнүндө чечим кабыл алуу жана докторантурадан чыгаруу ж.б.) КМУнун ректорунун буйругу менен ишке ашырылат. Аспиранттарды даярдоонун бардык этаптары (кабыл алуу, кирүү экзамендерин тапшыруу, аспирантурага кабыл алуу, илимий жетекчилерди дайындоо, кандидаттык минимум боюнча сабактарды уюштуруу, кандидаттык экзамендерди тапшыруу үчүн комиссияларды дайындоо, экзамендерге кабыл алуу, бүтүрүү жөнүндө чечим кабыл алуу, окутуу жана аспирантурадан чегерүү ж.б.) аспирантура бөлүмү тарабынан даярдалган КМУнун ректорунун (илим боюнча проректордун) буйругу менен ишке ашырылат. Ишеналы Арабаев атындагы Кыргыз мамлекеттик университетинин аспирантура бөлүмү өз ишмердүүлүгү жөнүндө белгиленген тартипте отчет беришет жана отчеттук материалдарды ректорго, илим боюнча проректорго, Университеттин Окумуштуулар кеңешине берет.