Окуу башкармалыгы – университеттин түзүмдүк бөлүмү, ал аркылуу окуу процессин пландаштыруу, уюштуруу жана контролдоо ишке ашырылат. Билим берүүнү башкаруунун негизги максаты университетте окуу процессин өркүндөтүү, модернизациялоо жана оптималдаштыруу, билим берүүнүн натыйжалуулугун жана сапатын жогорулатуу, ошондой эле билим берүүнү уюштуруу жагынан университеттин түзүмдүк бөлүмдөрүнүн ишин башкаруу, координациялоо жана контролдоо болуп саналат. 
Окуу башкармалыгынын башчысы– тарых илимдеринин кандидаты, доцент Зайниев Раушанбек Акимович
Инженер – программист  -  Мокешов Ж.К.
Жогорку билим берүү документтери боюнча адис– Одокозова А.С.
Инспектор – Акбаралиева Н.
Методист – Осконбай кызы Ж.
 
Окуу инспекциялык бөлүм 
Окуу инспекциясынын негизги максаттары университетте билим берүүнүн натыйжалуулугун жана сапатын жогорулатууга багытталган окуу процессин өркүндөтүү, окуу процессин уюштуруунун прогрессивдүү ыкмаларын киргизүү жана алынган натыйжаларды талдоо болуп саналат. Окуу процессин уюштуруу жагынан университеттин түзүмдүк бөлүмдөрүнүн ишин башкаруу, координациялоо жана контролдоо.
Окуу инспекциялык бөлүмүнүн башчысы физика илимдеринин кандидаты, доцент Искендерова Ш.А.
Жетектөөчү адис – Джусубалиева Г.И.
ECTS боюнча улук адис – Кумарова Д.Т. 
Статист – аналитик – Бакова К.Ж.

Билим берүү программаларынын сапаты жана аккредитация сектору
Билим берүү программаларынын сапаты жана аккредитация сектору билим берүү программаларын жана ЖОЖду билим берүү уюму катары аккредитациялоо жол-жоболорун даярдоо жана өткөрүү, ошондой эле билим берүү программаларын лицензиялоону даярдоо жана жүргүзүү функцияларын аткарган окуу башкармалыгынын түзүмдүк бөлүмү болуп саналат. Билим берүү системасынын сапатын жогорулатуу боюнча анын бардык компоненттеринин ишин координациялоо.
Сектор башчысы – Кыдыкбаева К.С.
 

Маалыматтык технологиялар борбору
Маалыматтык технологиялар борбору маалыматтык камсыздоо, электрондук маалыматтык-билим берүү чөйрөсүн ишке ашыруу жана өнүктүрүү функцияларын аткарган окуу бөлүмүнүн түзүмдүк бөлүмү; инновациялык билим берүү технологияларын аныктайт, талдайт жана ишке киргизет. Борбордун негизги милдети университеттин билим берүү программаларын аккредитациялоо процедураларына даярдоо болуп саналат. Борбордун негизги милдети жеке билим берүү программаларын жана университетти билим берүү мекемеси катары аккредитациялоо жол-жоболорун даярдоого жана ишке ашырууга маалыматтык колдоо көрсөтүү болуп саналат.
1.    Маалыматтык технологиялар борборунун башчысы физика-математика илимдеринин кандидаты, доцент Эшаров Э.А.
2.    AVN программасы боюнча инспектор Казыбаева Ж.Э.
3.    AVN программасы боюнча инспектор  Айбекова А.А.
 

Практика бөлүмү
Практика бөлүмү КМУнун студенттери үчүн практиканын ар кандай түрлөрүн, анын ичинде өндүрүштүк, окуу жана диплом алдындагы (квалификациялык) практиканы координациялоочу окуу администрациясынын түзүмдүк бөлүмү болуп саналат. Ошондой эле стажировкалардын иш программаларын түзүү, практиканын негиздерин аныктоо, практиканы керектүү документтер менен камсыз кылуу, киришүү, кесиптик багыт берүү жана жыйынтыктоочу стажировка иш-чараларын уюштуруу, кафедрада жана факультеттерде практиканы уюштуруунун сапатына мониторинг жана эсепке алуу сыяктуу бардык тиешелүү иштерди координациялайт. Ага кошо эле студенттердин жана магистранттардын практикасынын сапатына мониторинг жүргүзүү.

1.    Практика боюнча жетекчи Баястанов Н.М.