Подготовка высококвалифицированных научных, научно-педагогических кадров, создание условий для продуктивной научной деятельности молодых ученых является одной из основных задач университета в области науки. Аспирантура в университете  открыта с  1993 года.

Главную задачу аспирантуры университет видит в его эффективности. Первые выпускники были выпущены в  1996 году.   С 1993 года  было защищено более 70 диссертаций. Руководство вуза планирует ряд мероприятий по повышению эффективности подготовки аспирантов, в том числе, повышение эффективности научных исследований аспирантов: увеличение доли исследователей, имеющих опыт научно-исследовательской и практической работы; привлекать к руководству аспирантами ведущих ученых университета; повысить спрос на лидерство аспирантов; читать лекции по методологии научных исследований и др.

Особое внимание уделяется утверждению тем диссертаций и их соответствию научной тематике вуза, актуальности научных исследований для практики. В последние годы наметилась тенденция к возобновлению отношений со странами СНГ в сфере подготовки научно-педагогических кадров. В соответствии с международными соглашениями в области науки преподаватели нашего университета проходят обучение в аспирантуре  в ведущих университетах России, имеющих исторически сложившиеся крупные научные школы, аспирантуру. Министерство образования и науки КР и др. активно участвуют в выполнении научно-исследовательских проектов, финансируемых из внешних источников, получают основные научные результаты и работы по теме диссертации.

В целях материального и морального интереса аспирантов и научных работников, апробации результатов научной работы в университете организовано издание ежегодного «Вестника молодых ученых», открыт компьютерный класс со свободным доступом к глобальным информационным ресурсам через сеть Интернет. Сегодня в университете на бюджетной и контрактной основе обучается более 131 аспиранта. Аспиранты обучаются по 36 специальностям научных направлений. За последние 3 года поступило много заявок в аспирантуру. Существует тенденция отдавать предпочтение диссертациям аспирантов и университетских исследователей.

Докторантура и аспирантура являются основной формой подготовки высококвалифицированных научных и научно-педагогических кадров в системе послевузовского профессионального образования. Общее руководство этими работами осуществляет проректор по науке КГУ им. И. Арабаева. Отдел аспирантуры осуществляет непосредственное руководство. Подготовка докторантов, аспирантов и соискателей степени кандидата наук осуществляется в соответствии с действующей номенклатурой специальностей ученых.

Все этапы подготовки докторантов (прием в докторантуру, назначение научных консультантов, решение об окончании и освобождении от докторантуры и др.) осуществляются по приказу ректора КГУ им. И.Арабаева. Все этапы подготовки аспирантов (прием, сдача вступительных экзаменов, прием в аспирантуру, назначение научных руководителей, организация занятий по кандидатскому минимуму, назначение комиссий по сдаче кандидатских экзаменов, допуск к экзаменам, решение об окончании, обучение и зачисление из аспирантуры и др.) осуществляется по приказу ректора (проректора по науке) КГУ им. И.Арабаева, подготовленному отделом аспирантуры. Аспирантура КГУ им. И.Арабаева отчитывается о своей деятельности в установленном порядке и представляет отчетные материалы ректору, проректору по науке, Совету ученых КГУ им. И.Арабаева.